Suite à la marche verte, le Maroc installe très rapidement son administration au sein du Sahara, et commence par sécuriser les villes. C’est alors que le Front Polisario, ragaillardi par les 3000 hommes débauchés de l’armée espagnole et par la mise en scène de sa déclaration d’indépendance, commence à mettre en place une technique de guérilla typique au désert, avec des incursions rapides, sur des véhicules légers.

Le Maroc, dont l’armée n’est pas habituée à évoluer  dans ces conditions, connaît toute la palette de difficultés auxquelles sont confrontées les armées régulières, et se retrouve obligé de repenser l’ensemble de sa stratégie de contre-offensive. Le Front Polisario, fidèle à la doctrine de la Guérilla Guévariste, ne fait pas de quartiers, et les sahraouis enlevés sont systématiquement exécutés. 

Procédant à coup de rafles éclairs, le Front Polisario tente de couper l’armée marocaine de ses points de ravitaillement.

C’est à ce moment précis que les divergences entre El Ouali Mustapha Sayed et les conseillers de Kasdi Merbah commencent à se faire sentir. En effet, El Ouali commence à trouver pesant de devoir reporter aux cadres de la sécurité militaire algérienne, et commence à se sentir à l’étroit avec les conseillers militaires cubains, qui lui demandent de pousser son avantage en Mauritanie, quitte à perdre plus d’hommes.

L’idée romantique que se faisait El Ouali de la révolution et du communisme commence peu à peu à s’estomper, et il comprend qu’il s’est mis dans un engrenage infernal, d’où il sera difficile de sortir. Soucieux de la vie de ses compagnons d’armes, El Ouali est de plus en plus timoré, et alterne moments d’euphorie et de dépression. A l’un des conseillers de Merbah, il lance un jour que Tindouf fait partie du périmètre de l’état Sahraoui qu’il envisage.

L’information, qui signe quasiment son arrêt de mort, est immédiatement transmise à Alger.

Quelques jours plus tard, un Tupolev Tu-154 de dernière génération atterrit à Alger, de nuit. Pour l’accueillir, ni fanfares, ni trompettes. Car le passager unique de cet avion de ligne est Youri Andropov, venu en Algérie pour faire le point sur la situation au Sahara, avant de remonter vers Chypre.

En substance, Andropov conseille à Merbah d’organiser la liquidation d’El Ouali, qui, décidemment, commence à devenir gênant. Il demande alors à l’Algérien qui serait susceptible de prendre sa succession. Merbah, qui s’attend à cette question, a déjà en tête un sahraoui natif de Marrakech, Mohammed El Khalili, qui se fait alors appeler Mohamed Abdelaziz. Selon les Algériens, Abdelaziz dispose de tous les éléments pour faire un futur leader révolutionnaire « correct ». Il s’entend bien avec les cadres de la Sécurité militaires, et paraissait particulièrement attentif lors des séances interminables d’endoctrinement des conseiller militaires cubains. Armé marocain au Sahara

El Ouali, finalement, décide de plier aux exigences des conseillers de la sécurité militaire Algérienne, et planifie, à reculons, une attaque sur Nouakchott. Il mourra dans des circonstances non élucidées le 9 Juin 1976, au cours de cette même attaque. Afin de ne pas montrer la préméditation, Andropov conseille à Merbah de nommer un dirigeant temporaire en la personne de Mahfoud Ali Beiba. Ce dernier occupera la tête du front pendant un mois, avant que Mohamed Abdelaziz ne prenne sa place, jusqu’à aujourd’hui.

Pendant ce temps, les tacticiens marocains, qui ont observé avec attention les techniques utilisées par le Polisario, font appel au Groupe Permanent d’Evaluation de Situations Français, pour les assister dans leur élaboration d’une nouvelle riposte dans la guerre des sables.

Des hommes exceptionnels vont alors émerger au sein de l’armée marocaine, des chefs de guerre pour qui la défense de la Patrie coule dans les veines. L’un d’entre eux, Mohammed Ghoujdami, connaîtra même une consécration internationale grâce à l’attaque la plus audacieuse de l’histoire militaire, où une défaite cuisante sera administrée au Front Polisario à Bir Anzarane. Deux pleines pages lui seront consacrées dans « Paris Match » du 21 Septembre 1979.