En 1984, le Maroc s'est retiré de l'Organisation de l'Unité Africaine (OUA), devenue l'Union africaine (UA) en 2002. Depuis, ses relations avec les pays africains se limitent, globalement, aux cadres bilatéraux de coopération. A l'origine de cette situation désavantageuse, l'on constate un comportement incompréhensible de la part de l'OUA en matière de gestion du conflit autour du Sahara occidental. En effet, l'organisation panafricaine, dont le Royaume a été un membre fondateur en 1963, a contribué au verrouillage du processus de règlement du différend saharien en admettant en son sein un Etat fictif, en l'occurrence la « République Arabe Sahraouie Démocratique » (RASD), dont l'adhésion ne répondait aucunement aux critères prescrits pas le droit international, à savoir les éléments constitutifs d'un Etat. Ni d'ailleurs à ceux prévus par sa propre Charte dont l'article 4 dispose que « Tout Etat africain  indépendant et souverain peut devenir membre de l'organisation ».

Vers la moitié des années 1970, le contexte international et africain n'était guère favorable au Maroc. La décolonisation des colonies portugaises en Afrique telles que le Mozambique, l'Angola, le Cap-Vert et la Guinée-Bissau grâce, entre autres, à l'appui apporté par l'OUA aux mouvements de libération nationale conforta cette dernière dans son idéologie anticolonialiste et son soutien aux mouvements de libération. C'est ainsi que s'était posée, suite au départ de l'Espagne du territoire saharien, la question de la reconnaissance du Polisario en tant que mouvement de libération. La question était embarrassante d'autant plus qu'il s'agissait en l'espèce non pas d'un mouvement luttant contre la puissance coloniale, mais contre deux Etats membres de l'organisation à savoir, le Maroc et la Mauritanie. Paradoxalement, la pratique de l'OUA en la matière montrait qu'elle ne procédait pas à la reconnaissance de tels mouvements, comme ce fut le cas pour le Front de libération nationale du Congo (FLNC), dans l'ex-Zaïre, ou le Front de libération de l'Erythrée en Ethiopie. Un débat sera lancé à ce propos dès 1976 au sein de l'OUA et la question saharienne y deviendra, par excellence, un point de clivage et de division. 

Certainement, l'incohérence qui a marqué la position de l'OUA s'agissant du différend saharien l'a écartée de sa mission initiale qui consistait à prêter sa médiation aux parties en conflit en évitant de se rallier à l'une d'elles. En transgressant le principe de neutralité, l'OUA, à travers son traitement politisé, a bien aggravé la situation, sachant que le Maroc avait démontré ses bonnes intentions, lors du sommet de Nairobi, tenu en 1981, en acceptant le recours à la voie référendaire. Mais les vicissitudes de l'organisation panafricaine l'ont poussé à remettre le dossier saharien aux Nations Unies. Lequel dossier n'est traité, dès lors, par l'OUA, et ultérieurement par son héritière l'UA, qu'en position secondaire.

Ceci dit, depuis son retrait de l'OUA, le Maroc a toujours œuvré en vue de parvenir à une solution pacifique, négociée et durable, en mesure de mettre fin au différend saharien. Cette position modérée et la place importante qu'a toujours occupée le Maroc sur la scène africaine ont incité un groupe d'intellectuels, réunis au sein d'un Comité africain d'Initiative à Dakar, le 21 décembre 2011, à lancer un appel pour le retour du Maroc au sein de l'UA. Plusieurs responsables africains avaient auparavant adopté la même démarche. Le 17 janvier 2012, l'ambassadeur du Gabon auprès des Nations Unies, Nelson Messone, a exhorté, lors d'un point de presse tenu à l'occasion de la fin du mandat de son pays au sein du Conseil de sécurité, l'organisation panafricaine à trouver une solution idoine à la question saharienne. Celle-ci, selon les termes du diplomate gabonais, est une question prioritaire pour l'UA. 

Or, qu'il s'agisse de l'OUA ou de l'UA, le traitement de l'affaire du Sahara demeure tributaire des considérations politiques. Le 16 décembre 2011, lors du 13ème congrès du Polisario tenu à Tifariti, le représentant de l'UA, Diallo Boubacar, a exprimé, selon une dépêche de l'« agence »,  Sahara Press Service (SPS), le soutien de la Commission africaine à la « lutte menée par le Front Polisario pour la libération du Sahara occidental », saluant au passage « la résistance pacifique du peuple sahraoui pour son autodétermination et son indépendance ». L'émissaire de l'UA a également regretté qu'un référendum d'autodétermination n'ait pas eu lieu en raison, selon ses dires, des « obstacles du Maroc ». 

Ceci dit, les propos de M. Boubacar procèdent d'une vision du moins qu'on puisse dire subjective puisque l'on sait que l'appellation de « peuple sahraoui » est une expression non officielle au sein des Nations Unies qui utilisent plutôt des appellations telles les « habitants du Sahara occidental », le « peuple du Sahara occidental » ou encore les « Sahraouis occidentaux ». L'on sait également que les Secrétaires généraux des Nations Unies ont, tout au long de la décennie 1990 et au début des années 2000, à maintes reprises exprimé, dans leurs rapports relatifs à la situation au Sahara occidental, l'impossibilité d'organiser une opération référendaire en raison d'une multitude de problèmes techniques dont l'établissement d'une liste des votants acceptée de tous. Pour cause, la nature géographique du territoire saharien et la complexité des affiliations tribales in situ.  

Somme toute, et à l'instar de sa devancière l'OUA, la partialité de l'UA s'agissant du différend saharien est confirmée. Ce qui rend le choix pour le Maroc de réintégrer cette organisation difficile étant donné que les raisons de son départ ne sont pas devenues caduques. Le Royaume, ne pourrait en effet siéger dans un même cadre que la « RASD », sachant que cette entité fictive ne dispose pas des éléments d'un Etat souverain, manque de légitimité internationale et ne représente aucunement la volonté libre des populations sahraouies.